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脑囊肿和脑肿瘤的区别很明显。脑囊肿是一种良性疾病，可能是在出生过程中或出生后由于蛛网膜下腔粘连，局部脑脊液逐步聚集形成的假性囊肿。脑瘤是一种肿瘤性疾病，两者之间都有对周围脑组织的挤压，差别主要在于囊肿是一种良性疾病，而脑瘤是肿瘤性疾病可能对脑组织的功能产生严重影响，同时由于肿瘤本身的性质释放出一些物质导致脑组织周围正常组织受到影响，产生水肿。
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