航天飞机和多数载人飞船都是在低地球轨道上运行的载人航天器，它们具有载人航天器某些共同的特征，例如，它们都有航天员环境控制与生命保障系统、应急救生系统、测控通信系统、交会与对接系统、返回着陆系统等等，但是它们采用的技术有很大区别，承担的任务也不完全相同。它们主要的区别包括：

航天飞机是一种有翼载人航天运载器，靠固体火箭助推器和轨道器主发动机垂直起飞，完成轨道飞行任务后轨道器再入大气层，借助机翼获得的升力，像飞机一样滑翔着陆，准确降落在跑道上。它在从起飞到返回地面的整个过程中，加速和减速都较低，航天员所处的环境比较舒适。载人飞船是一种无翼载人航天器，靠运载火箭发射进入近地轨道空间，完成轨道任务后，只能以弹道式或半弹道式等方法返回地球，并且落地误差较大。它的加速和减速都很大，即过载大，因而对航天员的要求很高，需要长期训练。

亚特兰蒂斯号航天飞机

航天飞机是一种部分可重复使用的航天器，由轨道器、固体助推器、液体推进剂外贮箱组成，其中轨道器使用后经维修可再次发射，设计寿命可重复使用100次（但主发动机为50次），固体助推器可重复使用20次，外贮箱使用一次。载人飞船目前只能使用一次，不能重复使用。

航天飞机运载能力大，可载3～7人并将29.5吨物资送入185～1110千米的近地轨道。它主要用于空间运输和出舱活动，还可以用来开展大量的空间科学实验。载人飞船的运载能力有限，一般只能载3人和几百千克物资，在轨飞行10天左右，它主要用于空间运输、对地观测、出舱活动以及相对少量的空间科学实验。登月载人飞船可以执行登月飞行任务，未来的新型载人飞船还将用于星际飞行。

哥伦比亚号航天飞机

航天飞机综合利用了运载火箭、载人飞船和飞机技术，堪称20世纪高技术产品最杰出的代表，是人类智慧的结晶，但它的结构复杂，技术难度大，制造和运行成本昂贵，至今仍有一些问题尚未得到解决，投入使用以来已出现两次重大事故，14名航天员不幸遇难。载人飞船“个头”比航天飞机小得多，结构简单，技术成熟，研制周期短，风险小，成本低，从1971年6月联盟11号坠毁以来，至今未发生重大事故。

神舟号飞船

航天飞机和载人飞船难分仲伯，各有利弊。但对任何一个国家来说，无论选择航天飞机还是载人飞船，都要根据本国国情、国力和航天计划的任务目标来做决策。事实上，载人飞船和重复使用运载器也在不断发展之中，未来将出现部分可重复使用的飞船，也将出现价格更低的单级入轨重复使用的航天运载器。