在嵇汝运小学尚未毕业的时候，他的母亲就因感染风寒不幸去世，他的四位叔伯父也都被病魔夺走了生命。家人因病离世的场景在嵇汝运心中留下了难以磨灭的影响。自此，他便盼望自己长大后能创造出治病救人的良药。

高中时期，嵇汝运主修化学，这门神奇的学科激发了他无穷的学习热情，也从此确定了一生的求索方向——药物化学。1937年，他考入了中央大学（现南京大学）化学系。后来，他又考取了公费留学生，远渡重洋学习知识。在国外学习期间，图书馆和实验室是他常呆的地方。一分耕耘一分收获，平时的努力得到了回报，嵇汝运的博士论文的专业程度震惊了全系。他的出色使得伯明翰大学校方大为赞赏，被聘任为医学院药理系博士后研究员，并担任部分教学工作。

正当他在大洋彼岸进行神经系统药物的研究时，在亲人寄来的信件报刊里，他了解到，祖国建设欣欣向荣，第一个五年计划开始实施了。因此，1953年，嵇汝运谢绝了导师、好友的挽留，放弃英国优越的工作和生活条件，回到了阔别六年多的祖国。

嵇汝运回国后，进入中科院上海药物所工作。当时正值血吸虫病肆虐，为了获取第一手资料，他亲赴农村水乡，访问病家患者，采集粪便并亲自化验检测。经过夜以继日的反复实验研究，他们终于发现从南瓜子中提取的一种氨基酸，对血吸虫的生长有抑制作用。随后，嵇汝运立即组织力量，完成了南瓜子氨酸的人工合成，成功研制出了抗血吸虫病新药——巯锑钠。

嵇汝运在新药研制上硕果累累，其中还包括：蒿甲醚，用于治疗恶性疟疾；二巯基丁二酸钠，原本是制备巯锑钠的化学原料，嵇汝运及其团队将其开发成为重金属解毒药物，也被世界卫生组织列为24种基本药物之一；不仅如此，还有新型抗心律失常药物——常咯啉的数十个类似物，麻醉剂洋金花主要有效成分——东莨菪碱的几十个衍生物，民间草药野花椒的成分——加锡果宁的一系列类似物，四氢原小檗碱的众多新结构化合物……

此外，嵇汝运超前的科研思想也备受称赞。花甲之年，他依旧坚守第一线，开始学量子力学，揭开了我国药物设计领域发展的序幕。他还在我国率先开展计算机辅助药物设计领域的研究，他创立的计算机辅助药物设计研究组，目前已发展成为我国分子模拟、理论化学计算和计算机辅助药物设计研究方面较有影响的研究中心之一。

嵇汝运曾经在信笺上记下了自己从诗经、尚书中习得的修身十六字箴：静、淡、远、藏、忍、乐、默、谦，重、审、勤、俭、宽、安、蜕、归。回顾嵇汝运的一生，便是这十六字的最好注解。静心学医，与人为善，生活俭朴，为人谦逊，济世救人，大师精神应如是。

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