近年来，从80年代至今已经有超过2万多篇论文阐述益生菌对疾病和健康的影响，研究人员开展了大量观测肠道微生态菌群的丰度、变化及与疾病的关系的研究。通过观察疾病人群和健康人群，除肠道疾病外，还发现在许多疾病中存在着肠道菌群的改变，许多常见的慢性疾病如糖尿病、高血压、心脑血管疾病、抑郁症等。

绝大多数论文都证明肠道微生态系统对于健康的影响非常大，并肯定了益生菌的治疗效果。如JAMA综合分析了39项临床试验（近1万例患者），发现使用益生菌可降低使用抗生素患者的艰难梭菌感染。

随着科学的进步，我们会越来越多的发现疾病和菌群之间的关系，我们要像重视保护宏观生态环境一样保护我们的肠道微生态。

有关肠道微生态与疾病的研究，近几年处在爆炸式发展阶段，肠道微生态菌群的改变和疾病的关系有了新的突破。比如发现病糖尿病、高血压、高血脂、肥胖、脂肪肝等都与肠道微生态、肠道菌群和饮食密切相关；部分肿瘤也与饮食的变化引起的肠道微生态菌群的改变密切相关；还有阿尔茨海默症、抑郁症、儿童咳嗽变异性哮喘、过敏等都和肠道微生态有关。

基于现在的医学技术，我们发现尿液、羊水，甚至母亲的乳汁里都存在着大量的微生物。微生态就是体内的微生物和人体形成的一个共生系统，微生态平衡时这个共生系统对人体有着巨大的生理作用，而微生态失衡时它对人体疾病的发生和发展有着重要影响。

益生菌发酵过程及生产过程中，很多方法会把黏附因子破坏，很大比例的益生菌不能够定植了，但是很多益生菌产品，包括药品，并不一定非要定植才能发挥作用。

教科书中有一个连续再演的概念，就是把益生菌维持在一个较高的水平，那么即使他不在体内定植，也会促进我们体内其他菌群多样性的增加，促进体内有益菌群增长。

一定条件下，益生菌不在体内定植，也能发挥微生态调整作用，改善微生态失衡状态。但需要维持一定的丰度和一段较长的时间。

人体微生态系统受到多方面的影响，不同的种群、地域、饮食、环境、年龄等都会让人体产生不同的微生态环境，菌群结构也有差异。即使是双胞胎遗传背景一样，也可能因为饮食的不同而使菌群结构不同，因此我们需要针对个体进行精准治疗。

治疗前评价微生态失衡状况、菌群结构、宿主状况及环境，根据结果进行微生态调整，选择菌种、制剂、环境条件及剂量。治疗后观察疗效，评价宿主本身的屏障功能、免疫功能、微生物的多样性改变及菌群是否恢复到原来的平衡。只有这样才能说明益生菌对机体的有益作用。

正常人每克大便里有1万亿个细菌。健康人群补充市面上买到的益生菌，比如酸奶，每毫升含有不到1亿个活菌，这个数量确实对人体影响不大。但是对于菌群紊乱，微生态多样性下降，有益菌减少，有害菌增加，严重微生态失衡的人群，给予他们使用一定数量的益生菌效果就很明显。

人体就像一片广袤的原始森林，我们在森林里面再种一些树木，这些树木对于整个森林的生态影响很小，但是如果我们把这些树木种植在荒漠上，植树造林，那么这些树木对荒漠的环境影响很大。因此，以健康人群为观察对象所得的研究结果不能说明益生菌的真实功效。

总之，“益生菌”顾名思义，就是对人体有益的微生物。益生菌广泛存在于我们的食品中，如酸奶、饮料、配方奶粉、豆制品等，此外还有各种各样的益生菌制剂。权威专家表示，益生菌的功能及安全性得到权威机构认可及科研成果证实。其已被欧洲食品安全局（EFSA）、美国食品药品监督管理局（FDA）、中国卫生健康委等权威机构认可为“公认为安全”及可应用于食品的菌种。

Nutra Ingredients表示，“许多研究都支持益生菌对特定适应证有益；使用益生菌还有助于减少医疗支出等。”只有我们正确认识“益生菌”的益处，根据不同的情况，合理且有针对性的应用就能科学地发挥其功效。