据日本时事通讯社报道，安倍26日傍晚在首相官邸会见杜特尔特，除双边关系问题外，南海和安全保障问题“毫无意外地成为焦点”。杜特尔特在首脑会谈开始时称，希望与中国就南海争端“和平地解决问题”“必须与中国展开对话”。关于所谓南海仲裁案，杜特尔特表示菲方“不会采取判决范围以外的其他立场”。共同社26日称，会谈后双方发表了旨在促进日菲战略伙伴关系的联合声明，还就南海问题强调“自我克制与非军事化对和平解决海洋纷争很重要”。两人还从亚太地区和平与稳定的观点出发，确认了与美国的同盟很重要。在之后的联合记者会上，杜特尔特表示：“菲律宾与日本将在‘如果有纷争，那就和平解决’的价值观之下紧密合作”。

　　日本TBS电视台26日称，在首脑会谈之前，杜特尔特先在东京与日本“日菲友好议员联盟”进行座谈，并在菲律宾经济论坛发表演讲。参加座谈的一名日本议员称，杜特尔特在期间表示“如果中国继续强大，可能和美国发生冲突”。在菲律宾经济论坛的演讲中，杜特尔特继续彰显反美姿态，要求美国军队“两年内离开菲律宾”，这也是他首次提及要求美军撤出菲律宾的时间。关于中国，他称“希望成为中国的朋友”，访问中国“是为了经济，而不是军事，我们没有谈论武器，没有讨论联盟问题”。还有日本媒体注意到，继25日和日本外相岸田的会谈迟到后，杜特尔特26日出席菲律宾经济论坛“再次迟到40分钟”。

　　共同社26日援引日本外务省官员的话称，新任菲总统“虽然强硬反美，但确是亲日派”，日方依然可以借其访日之机，强化日菲在南海问题上的协调。评论称，安倍尽管对杜特尔特的激进反美言论有所警惕，但还是希望加强两国关系，拉住杜特尔特避免其倒向中国。不过，考虑到杜特尔特有自己的打算，“未必按照首相的建议行事”，因而日方还需要谨慎关注并充分把握其想法。

　　《纽约时报》26日评论称，杜特尔特将日本这个美国另一个重要亚洲盟友置于微妙的位置。分析人士认为，日本与菲律宾的关系使得它有优势提醒杜特尔特美国之重要性，但与此同时，鉴于日本与美国之间也有嫌隙，和菲律宾在对美关系上有相似之处，该国可以向杜特尔特的处境表示同情，并提供他一个发泄的场所。

　　“杜特尔特反美意识打乱日本对华包围网”，日本共同社26日发文评论称，日本曾招待杜特尔特亲属来日游玩，“为亲日总统的诞生而布局”，但日菲两国在“美国观”上存在明显分歧。安倍可能在会谈中呼吁菲修复与美关系，但日本政府并未透露详情。日本外务省官员称，“菲律宾是对华战略的关键，无论如何都要把菲律宾留在日美阵营里”。