1894年8月25日，日本学者北里柴三郎和法国细菌学家A.耶尔森，几乎同时在1894年香港鼠疫流行期间发现本病病原体是一种细菌，这种细菌后来就被命名为耶尔森杆菌(Yersinia pestis)，也即通常所称的鼠疫杆菌。鼠疫是由鼠疫杆菌引起的自然疫源性烈性传染病，也称黑死病。鼠疫是鼠蚤吸取含病菌的鼠血后，再吸人的血，将病菌注入人体内，使人得病，即“鼠一蚤一人”传播。未经治疗的鼠疫病死率高达50%～70%。在人类历史上有数次毁灭性的鼠疫大流行。

历史上首次鼠疫大流行发生于公元6世纪，起源于中东，流行中心在近东地中海沿岸。

公元542年经埃及南部塞得港沿陆海商路传至北非、欧洲，几乎殃及当时所有著名国家。这次流行持续了五六十年，极流行期每天死亡万人，死亡总数近一亿人。这次大流行导致了东罗马帝国的衰落。

鼠疫在1346年到1350年大规模袭击欧洲，导致欧洲人口急剧下降，死亡率高达30%。黑死病被认为是蒙古人带来的。约1347年，往来克里米亚与墨西拿（西西里岛）间的热那亚贸易船只带来了被感染的黑鼠或跳蚤，不久便漫延到热那亚与威尼斯，1348年疫情又传到法国、西班牙和英国，1348年—1350年再东传至德国和斯堪的纳维亚，最后在1351年传到俄罗斯西北部。估计欧洲有约2500万人死亡，而欧、亚、非洲则共约5,500万—7,500万人在这场疫病中死亡。当时无法找到治疗药物，只能使用隔离的方法阻止疫情漫延。此后在十五、十六世纪黑死病多次再次侵袭欧洲；但死亡率及严重程度逐渐下降。

鼠疫在20世纪30年代达最高峰，这是一次突发的大规模鼠疫，总共波及亚洲、欧洲、美洲和非洲的六十多个国家，死亡达千万人以上。此次流行传播速度之快、波及地区之广，远远超过前两次大流行。这次流行的特点是疫区多分布在沿海城市及其附近人口稠密的居民区，家养动物中也有流行。

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