在非小细胞肺癌（NSCLC）治疗领域，ALK融合基因被视为“钻石突变”，携带该突变的患者使用ALK抑制剂后，肿瘤往往能得到有效控制。但临床实践中，相同ALK阳性患者的治疗效果差异显著。近年来，医学界尝试通过基因测序中的“变异等位基因频率”（VAF）来预测疗效，认为VAF越高意味着靶向药效果越好。然而，我国研究团队的最新成果却揭示：基于杂交捕获的二代测序（NGS）测定的ALK VAF值，可能无法可靠评估疗效，相关研究发表于《Frontiers of Medicine》。

“黄金靶点”的困惑：为何同是ALK阳性，疗效差这么多？

ALK融合基因在NSCLC中的发生率约为5%，就像给肿瘤贴上了“靶向药敏感”的标签。目前，克唑替尼、阿来替尼等多款ALK抑制剂已成为临床标准治疗方案，显著延长了患者生存期。但医生们发现一个棘手问题：即使同为ALK阳性，有些患者用药后肿瘤迅速缩小，药效持续两年以上；而另一些患者用药几个月就出现耐药，肿瘤卷土重来。

肿瘤内异质性（ITH）被认为是耐药的“元凶”之一——肿瘤中存在不同基因突变的细胞亚群，就像一支“混合部队”，当靶向药消灭了敏感细胞，耐药细胞便趁机增殖。理论上，VAF值（即携带ALK融合基因的肿瘤细胞占比）越高，说明“敏感部队”占比越大，靶向药效果应该越好。此前，KRAS、EGFR等基因突变的VAF值已被尝试用于预测疗效，但ALK融合是基因重排而非单点突变，其VAF值的可靠性一直缺乏验证。

4548例患者大数据：VAF值与疗效“脱钩”

为解开这个疑问，研究团队对4548例NSCLC患者进行NGS检测，发现7.2%（326例）为ALK阳性。他们重点分析了接受一线克唑替尼治疗的85例患者，通过肿瘤纯度校正VAF值（得到adjVAF），并设置了4个阈值（<50%、40%、30%、20%）来划分ALK融合基因的“克隆性”（即突变细胞占比）。

结果出人意料：无论采用哪个阈值，adjVAF高低与患者的中位无进展生存期（PFS）均无统计学关联。例如，adjVAF≥50%的患者中位PFS为13个月，而<50%的患者为10个月，两组差异并不显著（P=0.103）。进一步分析显示，adjVAF与PFS的相关性极弱（相关系数r=-0.094），说明VAF值根本无法有效预测克唑替尼的疗效。

VAF值“不靠谱”的三大技术短板

为什么在ALK融合基因中，VAF值会“失灵”？研究团队找到了关键原因：

1. 检测平台“各说各话”：同一患者的样本在不同NGS平台（检测基因Panel不同）中，VAF值差异显著（P=0.020）。杂交捕获法依赖探针与基因序列结合，而ALK融合基因的断裂点复杂多样，就像“拼图缺了角”，容易出现“脱靶捕获”，导致VAF值失真。

2. 与其他检测方法“对不上账”：对比荧光原位杂交（FISH）和免疫组化（IHC）结果发现，VAF值与FISH的“断裂信号比例”、IHC的“阳性细胞比例”均无相关性（r=0.228、0.190，P均>0.05）。比如，IHC显示100%肿瘤细胞ALK阳性的样本，NGS测出的VAF值可能仅为20%，如同“数错了人数”。

3. ALK融合异质性本身罕见：IHC检测发现，仅2.3%的ALK阳性病例存在“异质性染色”（部分肿瘤细胞阳性、部分阴性）。这说明ALK融合通常是“克隆性事件”（存在于绝大多数肿瘤细胞中），理论上VAF值应接近50%（假设单等位基因融合），但实际检测中VAF中位数仅19.6%，进一步证明技术误差主导了VAF结果。

临床启示：多方法联合检测更稳妥

研究同时发现，在ALK-IHC异质性染色的罕见病例中，部分患者同时存在EGFR突变、ROS1融合等其他驱动基因。这类“共突变”可能是靶向药耐药的隐形推手。因此，研究团队建议：对于ALK检测结果矛盾（如NGS阳性而IHC阴性）或IHC显示异质性的病例，需结合RNA测序等多种方法验证，并排查其他驱动基因。

目前，ALK靶向治疗的疗效预测仍需依靠临床特征和基因融合类型（如EML4-ALK变体）。该研究提示，单纯依靠VAF值指导治疗决策可能“跑偏”，未来需要探索更稳定的生物学标志物。

来源: 医学前沿FrontMed