在非小细胞肺癌（NSCLC）治疗中，ALK融合基因被称为“黄金靶点”，靶向药物可显著延长患者生存期。但临床发现，相同ALK阳性患者的疗效差异很大。近年来，有研究提出通过基因测序中的“变异等位基因频率”（VAF）来预测疗效，认为VAF越高，靶向药效果越好。然而，我国研究团队最新成果显示，基于杂交捕获的二代测序（NGS）测定的ALK VAF值，可能无法可靠评估疗效，相关论文发表于《Frontiers of Medicine》。

ALK融合基因：肺癌靶向治疗的“精准导航”

ALK融合基因在NSCLC中的检出率约5%，携带该突变的患者对ALK抑制剂（如克唑替尼）反应显著。但患者的治疗响应持续时间差异巨大，部分人很快出现耐药。肿瘤内异质性（ITH）——即肿瘤中存在不同基因突变的细胞亚群——被认为是耐药主因。理论上，VAF值（反映肿瘤中携带突变的细胞比例）越高，说明ALK融合基因在肿瘤中越“普遍”，靶向药可能更有效。

此前，KRAS、EGFR等基因突变的VAF值已被尝试用于预测靶向药疗效。但ALK融合是基因重排而非点突变，其VAF值能否准确反映肿瘤内异质性，一直缺乏大规模研究验证。

4548例患者研究：VAF与疗效无显著关联

研究团队对4548例NSCLC患者进行NGS检测，发现7.2%（326例）为ALK阳性。他们进一步分析了接受一线克唑替尼治疗的85例患者，通过肿瘤纯度校正VAF值（adjVAF），设置了4个阈值（<50%、40%、30%、20%）来划分ALK融合基因的“克隆性”（即突变细胞占比）。

结果显示，无论采用哪个阈值，adjVAF高低与患者的中位无进展生存期（PFS）均无统计学关联。例如，adjVAF≥50%的患者中位PFS为13个月，而<50%的患者为10个月，两组差异不显著（P=0.103）。进一步分析发现，adjVAF与PFS的相关性极弱（相关系数r=-0.094），说明VAF值无法有效预测克唑替尼的疗效。

VAF值“不靠谱”的三大原因

为何VAF在ALK融合基因中失灵？研究揭示了关键问题：

1. 检测技术局限性：同一患者样本在不同NGS平台（检测Panel不同）中，VAF值差异显著（P=0.020）。杂交捕获法依赖探针与基因序列结合，而ALK融合基因的断裂点复杂，易出现“脱靶捕获”，导致VAF值失真。

2. 与其他检测方法不匹配：对比荧光原位杂交（FISH）和免疫组化（IHC）结果发现，VAF值与FISH的“断裂比例”、IHC的“阳性细胞比例”均无相关性（r=0.228、0.190，P均>0.05）。例如，IHC显示100%肿瘤细胞ALK阳性的样本，NGS测出的VAF值可能仅为20%。

3. ALK融合异质性本身罕见：IHC检测发现，仅2.3%的ALK阳性病例存在“异质性染色”（即部分肿瘤细胞阳性、部分阴性）。这说明ALK融合通常是“克隆性事件”（存在于绝大多数肿瘤细胞中），理论上VAF值应接近50%（假设单等位基因融合），但实际检测中VAF中位数仅19.6%，进一步证明技术误差主导了VAF结果。

临床启示：多方法联合检测更可靠

研究同时发现，在ALK-IHC异质性染色的病例中，部分患者同时存在EGFR突变、ROS1融合等其他驱动基因。这类“共突变”可能是导致靶向药耐药的隐形原因。因此，研究团队建议：对于ALK检测结果不一致（如NGS阳性而IHC阴性）或IHC显示异质性的病例，需结合多种检测方法（如RNA测序）验证，并排查其他驱动基因。

目前，ALK靶向治疗的疗效预测仍依赖临床特征和基因融合类型（如EML4-ALK变体）。该研究提示，单纯依靠VAF值指导治疗决策可能存在风险，未来需探索更稳定的生物学标志物。

来源: 医学前沿FrontMed