整理:深究科学

访谈专家:于文强(复旦大学教授、表观遗传专家)

相同的遗传信息,为何会表现出不同的性状?

说到表观遗传学,这指的是另外一种遗传。比如同样是双胞胎,从他们的遗传角度来讲,应该是一样的。那双胞胎(的遗传物质)应该也是一样的,但其实还是不一样,比如老大或老二,老大的性格往往会内向些,老二性格会外向些。所以这是另外一个问题,从遗传角度讲的话,另外一个就是遗传外的一些因素,这就是表观遗传中非常重要的概念,它是不依赖DNA序列的遗传,或者说是环境因素的改变引起的,最后可遗传的东西,都可能把它归到表观遗传上。

换句话说,我们说的遗传,从遗传角度讲,不同的物种在遗传,同一个物种也有遗传,但是它在DNA序列一样的时候,中间所存在不一样的,其实就是表观遗传,就是环境因素。环境的变化也是会导致遗传性状的不一样,所以这里就牵扯到表观遗传,包括很多调控,包含DNA甲基化、组蛋白的修饰、非编码RNA。在整个生命过程中,可能都非常重要。

比如像那蜂王,有人做这个研究,吃了蜂王浆以后,它的很多组蛋白修饰可能会不太一样,所以导致它们的发育完全不一样。

哪些分子对基因调控起重要作用?

表观遗传是通过环境因素来发挥作用,最后影响我们的表型或性状。

基因的调控,它一定有物质基础,就是它通过什么来发挥作用,所以表观遗传三个方面中,比如DNA甲基化,外界环境变化是可以影响DNA甲基化的变化。今年获诺奖的小RNA,也就是microRNA,其实它最早被发现也就是20多个碱基。这个小分子最早发现的时候,是1993年。当时大家都在做大的基因,谁会想到20多个碱基会有功能或有作用,所以这就是它今年获得诺奖非常重要的意义,也就是它对生命的调控,让大家对RNA的认识更进了一步。

原来大家都在做大的东西时,先发现小的东西也是有作用的。这也是我们经常所说的,是一种非共识的作用。

miRNA能够获诺奖意义重大,在别人都认为大的有作用,他们当时发现小的作用,而且发现这种20多碱基分子具有调控作用,这牵涉到miRNA和表观遗传的关系。当然miRNA和表观遗传之间,其实有两方面,一方面miRNA通过post-transcription作用,就是转录后的一些调控,这是目前转录抑制调控非常重要的东西,通过3’端来抑制作用。我们知道,表观遗传还涉及转录水平的调控。这一块牵涉非常多,比如外界环境是怎么来影响这些基因的表达。

人体有1982个miRNA,有600多个miRNA是在我们的神经系统,但是这里边很多神经系统miRNA研究的并不多。这些miRNA为什么在神经系统?可能是我们神经系统需要学习的有很多东西,比如,你出生之前在妈妈肚子里边,基本上没有光,什么东西都没有,声音也没有。你出来后,要发育很多东西,而这些miRNA可能在我们和外界的感知过程中间,发挥非常重要的作用。这些内容还需要进一步去研究。

所以这也就是今年这个领域获诺奖后,可能具有非常重要意义的原因,然后对miRNA的研究可能有非常强、非常大的促进。实际上,本来它就很重要。

微小RNA如何调控基因的表达?

miRNA从1993年维克多·安布罗斯发表文章的时候,从那第一天起,他当时不仅发现了miRNA,也阐明了它的机制。miRNA在胞浆中通过3’UTR的结合,而这种结合,可以是完全配对,也可以不完全配对。不管怎么样,它最后要么降解已有的RNA,要么就抑制它的翻译,不管怎么样,让这个已有的miRNA没法发挥作用,或者是蛋白翻译,或者让它降解。它是一种负向调控非常重要的作用。

从作用角度讲,miRNA可能在整个细胞命运转换中有很多非常重要作用。我们知道很多miRNA有组织特异性,比如肝有肝的miRNA,肺有肺的。换句话,很多组织特性的miRNA,就是某种组织有特性的miRNA存在。为什么是这样子?其实我们认为,这些miRNA在维持这些细胞身份或细胞状态。

一个细胞同时会身份转化,比如说,正常细胞会变成肿瘤细胞。我们经常听到叫EMT,就是上皮细胞和间中细胞转化,是肿瘤发生性非常重要的原因。我们举个例子,A细胞变成B细胞,其实它需要两个作用。如果miRNA发挥主导作用,比如它需要激活B细胞的基因,那miRNA在细胞核中,它会把B细胞的基因激活。同时A细胞变成B细胞,A细胞所在的基因就要受到抑制,所以我们会发现miRNA在胞浆中可以抑制A细胞的基因。所以通过抑制A细胞的基因,再激活B细胞基因,就可以完成一个细胞身份的转换。换句话说,miRNA是细胞身份转换的促进者,或者说,它不仅是细胞身份的维持者,也是细胞身份转换的促进者。

生命分两个阶段。第一个阶段,是在妈妈肚子里发育,该长什么长什么,长肝、长肺,各种器官生长的时候。生命还有第二个阶段,就是我们离开妈妈肚子以后,我们需要生活,和外界环境发生作用。比如,你出生以后,需要吃饭,需要呼吸,需要看到光,需要各种各样的适应。

所以,我刚才说的像神经系统有很多miRNA,它其实在我们感知中发挥非常重要的作用。除了这些,我认为,miRNA可能在生命的第二个阶段,发挥重要的作用。这也可以解释,为什么大家觉得miRNA不重要,是因为miRNA主要是在第二个阶段发挥作用。

所以,我认为miRNA的很多研究现象应该是对的,但只是我们在这种现象之间,如何建立一个桥梁,把miRNA本身和现象之间解释清楚、说清楚,这一点可能会非常重要。我认为miRNA领域获诺奖以后,很重要的一个研究方向和热点,让更多的人理解miRNA和它产生表型之间的关系。

两位诺奖获得者的科学贡献是什么?

miRNA最早是在线虫中做的。怎么做的?最早他们发现了两种表型,发现一种线虫的表型突变了以后,这个突变的表型应该是随机突变的。研究者发现这个表型出现在幼年的线虫上,线虫在幼虫阶段,它的皮肤却很老,相当于一个老的线虫;而另外的表型是,发现很老的线虫,它的皮肤非常嫩。这就相当于一个幼年的线虫,它的皮肤很老——一个老的线虫皮肤很小(嫩),这是两种非常截然相反的现象。

2008年,安布罗斯开始做这个课题时,这两个表型都有了。怎么定位这个基因,是什么原因导致的?现在我们知道基因定位非常重要,但当时基因定位是很难做的,大家不知道在什么地方,所以他用了非常多的办法定位,比如先定位5个KB的范围,后来经过很多研究,有700个bp(碱基)范围里边,通过定位,他发现在700个碱基左右的范围里。

维克多·安布罗斯

当时,安布罗斯在一个国际会上报告他的结果,做的是脑损的结果,来看RNA的表达。会上报告时说:“你看这两个在700bp的地方是有作用,两个不一样。”但是底下的人就说:“你看,底下那20多个碱基那个位置,结果更清楚。”大家去看他那最早那张图,发现在700个bp是有差别,没错,但在20个bp左右的位置,差别更大。所以这时候就会发现,居然在20多个碱基这个地方差异最大。最后,他发现这就是第一个,就命名lin-4,是一个20个碱基左右的小核酸的片段。

为什么说小核酸?因为我们当时说的基因片段,比如说我们说的编码基因和不编码基因,编码基因大概300多个碱基,也就是100多氨基酸,最少有300多个碱基,而这只有20多个碱基,别人会觉得这么小一个东西,怎么可能会有功能和作用?可当时发现这个东西发表在Cell杂志上,虽然发在Cell上,后来也没有进一步去后续研究。直到2000年,鲁弗肯有第二个miRNA的发现,才发现这个东西可能比较重要。

当然,安布罗斯在做的过程,一个是发现miRNA,至少这个miRNA的表型,它的敲除和线虫皮肤的衰老是有关系的,第二个其实是定义miRNA功能的研究,就是通过3’端 UTR来抑制。另外一个就是lin-14(lin-14的机制发现者主要是鲁弗肯),它是两个基因,一个是表达的基因蛋白,一个是miRNA,它发现它能抑制,

所以这两个表型解释是相反的,当时的发现就是第一个发现miRNA,第二个发现它的机制是通过3’端 UTR,而这个通过3’端 UTR抑制理论成了整个miRNA领域近30年来主流的研究,任何跟它不一样的研究,都认为是一种非主流的。

大家在发文章过程,最早提出这些概念,提出miRNA这种发现。从基础研究来讲,他们是把我们经常说的miRNA是一种非共识的研究,而大家普遍都觉得蛋白在起作用,都觉得大的基因片段起作用,在30年前,你说小的核酸片段在起作用,在整个生命过程中间,整个是小核酸调控,这算是开辟了新的理论。

但是后来的siRNA,我不知道siRNA有没有借助这个理论,其实你会发现siRNA它的作用机制和miRNA的作用机制是非常像的。所以从这个角度讲,他们其实开创了一个小核酸领域,一种miRNA,一种调控作用。在这方面我觉得后续miRNA,可能从他的发现大家认识了一种新的调控机制,新的调控方式。现在比较遗憾的是,miRNA这个东西从应用角度讲还没有。这就是miRNA(的研究现状)。

为什么大家要反复提它要获诺奖,它的意义在哪,它的重要性在哪,科学意义在那放着。但为什么到现在30年后获得诺奖?很重要的一个原因,就是它在应用上可能还需要大力地去做。无论是在肿瘤、疾病的诊断上,还是在将来药物上,尤其在小核酸药物开发上,如果能发挥作用,就会奠定miRNA的研究领域,促进miRNA理论进一步扎实地去做,所以他们的贡献,他们的工作意义,那是毋庸置疑的。

目前国内在这个领域的研究概况

miRNA这个领域,其实从2000年到2010年这一段时间是发展非常快的,miRNA运用到各种各样的领域,各种各样的东西去解释很多生命现象,尤其是解释一些基因下调以后,为什么基因会下调,在一个生命现象中间,它都会来找miRNA(发挥的作用)。在这个时段,我觉得我们中国科学家也做了非常多的工作。

2010年到2015年这一段时间,miRNA还有很多研究。近几年,也就是2015年以后,miRNA做的比较少,很重要的一些原因就是我刚才说下调的这个理论,它是微调,很多结果就是你做着做着,你会觉得这个东西是真的吗?

所以这一块可能还有非常多的问题。我们最早的973项目里,最早开始做DNA甲基化,大概在我们国内做miRNA比较好的一些人,比如陈润生院士,在miRNA这个领域做了非常多的工作。另外,像中山大学屈良鹄老师,他们在小核酸领域有很多新的发现,无论是在miRNA的代谢机制上,还是miRNA定位上,他们做了非常多的工作。当然我们国内还有很多其他科学家在应用方面,在miRNA领域也做了很多方面工作,但像陈润生院士,还有屈良鹄教授,他们其实在miRNA这个领域做了非常大的推动作用。2008年左右,当时他们拿到国家的973项目,都是做RNA方面的研究。所以,我们从国内这块角度来讲的话,其实RNA领域现在目前做的人也非常多,包括做RNA修饰,当然也有做长链非编码RNA的,还有很多其他的领域。

在植物领域里边,比方说(清华大学)戚益军,在miRNA领域他做了很多电镜研究。他当时在冷泉港实验室的时候,最早解释了miRNA里边3’端有几个不同的碱基,有的是A、有的是C、还有的是G。他当时发现miRNA在识别过程中3’端可能会非常重要。后来他回国以后,在清华大学做植物的miRNA调控方面也做了非常多的工作。

miRNA我认为它非常普遍,比如说,你看从低等动物线虫,到各种各样的物种里边都有,植物里边有,很多病毒也有miRNA。换句话说,miRNA它其实非常广泛,有非常重要的生物学作用和功能。

miRNA的调控与哪些疾病密切相关

肿瘤领域,像miRNA-17~92,这个基因簇发了非常多的文章,就是miRNA本身和肿瘤的关系。在miRNA和肿瘤研究过程中间有两个:第一个就是发现很多在肿瘤中miRNA是高表达的,它可以作为标记物(marker);还有其实在肿瘤里中miRNA还一个很重要的特征,就是它的作用特点,在肿瘤中主要是miRNA低表达。miRNA低表达是miRNA非常重要的东西。

当然,其他的包含我刚才说的生理方面的作用,比如刚才说的生长发育方面作用,在副睾里边有miRNA,我们前段时间有一个项目,讲辅助生殖表观遗传技术,其中文章研究发现,副睾里边的很多miRNA,它对胚胎发育可能会有非常重要的作用。换句话说,我认为miRNA遍布我们生命调控中的各个阶段,只不过是在做的过程中间我们需要不同的理论来去做。我也相信miRNA在这一块可能和很多疾病和很多的生理状态有非常大的关联。

最简单的例子,刚才说的最早lin-4和lin-14,你可以认为它和衰老有关系,其实这边可能都还需要很多的研究来进一步的促进这个领域的发展,真正促进miRNA领域的应用。

审核:梁英 空军军医大学第二附属医院药剂科副研究员

出品:中国科协科普部

监制:中国科学技术出版社有限公司、北京中科星河文化传媒有限公司

来源: 返朴

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